产品简介

       基因组denovo测序是指不参考任何已有的DNA序列信息，直接对某物种的基因组进行测序，也叫做从头测序。首先需获取某物种高质量DNA样本，评估基因组特征，选择合适的测序策略和组装方法，将测序得到的长reads进行拼接，然后利用其他技术进行辅助排序、定相，从而获得物种完整的基因组序列图谱。

技术流程

基因组测序策略

测序技术

测序深度

作用

二代测序

≥50X

基因组特征评估、基因组去杂合

三代PacBio CCS测序

≥30X

两种技术二选一

基因组组装

三代Nanopore测序

≥100X

Hi-C技术

≥100X

染色体挂载

二代转录组

≥6G/样，≥6个不同组织

基因组注释

三代全长转录组

≥20G

基因组样品准备

样品类型

样品量要求

样品状态

注意事项

植物组织

三代≥5g/文库

取新鲜幼嫩叶片/芽

取样注意清洁，避免污染

Hi-C≥2g/样

动物组织

三代≥2g/文库

取鲜活核酸含量高组织

Hi-C≥2g/样

血液

三代≥10ml/文库

全血样本，加入抗凝剂EDTA

避免反复冻融

Hi-C细胞量≥2.0×106/次

需提供分离并固定好的淋巴细胞

结果展示

基因组特征分析


比较基因组学分析

经典案例


物种

样本情况

发表期刊

年份

研究内容

 燕麦[1]

3个基因组，栽培燕麦（AACCDD）、其近亲二倍体（AA）和四倍体（CCDD）

Nature

2022年

完成六倍体燕麦基因组组装，探讨燕麦亚基因组结构变异和功能进化。

番木瓜[2]

2个基因组，转基因品种SunUp和非转基因品种Sunset+86份群体材料

Nature Genetics

2022年

获得2个番木瓜高质量基因组，首次研究了基因枪介导的转基因过程对基因组结构和功能的影响，及番木瓜起源和驯化。

海大麦[3]

1个基因组

Plant Communications

2022年

完成了小麦族盐生植物海大麦的基因组，解析其耐盐机制，并构建海大麦的高效基因编辑体系。


参考文献

[1] Nadia Kamal, Nikos Tsardakas Renhuldt, Johan Bentzer, et al. The mosaic oat genome gives insights into a uniquely healthy cereal crop. Nature 606, 113–119 (2022).

[2] Jingjing Yue, Robert VanBuren, Juan Liu, et al. SunUp and Sunset genomes revealed impact of particle bombardment mediated transformation and domestication history in papaya. Nat Genet 54, 715–724 (2022).

[3] Liuhui Kuang, Qiufang Shen, Liyang Chen, et al. The genome and gene editing system of sea barleygrass provide a novel platform for cereal domestication and stress tolerance studies. Plant Communications,2022,100333,ISSN 2590-3462.