产品简介
群体进化是指对选取的自然群体材料进行全基因组重测序，通过与参考基因组比对获得各群体SNP、InDel等变异信息，分析群体遗传多样性、群体遗传结构，探索物种起源、群体进化、群体迁移及对环境的适应性机制，解析群体基因交流情况、种群历史动态等。
技术流程
技术参数
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参数 |
群体进化 |
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DNA要求 |
每个样品DNA在1ug以上 |
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测序平台 |
Illumina/DNBSEQ测序平台 |
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测序深度 |
≥10X/样 |
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样品数量要求 |
有参考基因组，植物每个群体至少15个样本，动物每个群体至少10个样本，至少3个群体。 |
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群体要求 |
自然群体 |
结果展示
群体遗传结构分析
群体分化和连锁不平衡分析
选择消除分析
种群历史动态分析
群体分化时间和基因交流分析
经典案例
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物种 |
样本情况 |
测序深度 |
发表期刊 |
年份 |
研究内容 |
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铁观音[1] |
1个基因组+190份群体材料 |
平均测序深度12.75X |
Nature Genetics |
2021年 |
在完成铁观音基因组基础上，对190份茶树种群进行遗传分析，揭示大叶茶与小叶茶不同种群演化和驯化历史。 |
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苹果[2] |
497份群体材料 |
平均测序深度7.66X |
Molecular Plant |
2021年 |
对497份苹果的果实重要品质性状进行全基因组关联分析，鉴定了控制果实大小和风味品质的重要候选基因，揭示了苹果风味品质提升的驯化和改良历程。 |
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大豆[3] |
718份群体材料 |
测序深度在13X以上 |
Nature Communications |
2021年 |
对718份大豆进行重测序，构建了高质量的大豆SNP变异图谱，研究大豆驯化过程中的有害突变模式，通过GWAS分析大豆油脂和蛋白质性状。 |
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芥菜[4] |
1个基因组＋480份群体材料 |
平均测序深度15X |
Nature Genetics |
2021年 |
完成了黄籽油菜基因组工作，破解了芥菜身世之谜，阐明了芥菜起源、驯化和传播路径，揭示了芥菜形态的百变之源。 |
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大西洋鲑鱼[5] |
492份材料 |
平均测序深度8.1× |
Nature Communications |
2020年 |
对492个大西洋鲑鱼进行深度测序，指出了SV在大西洋鲑鱼群体结构研究中的重要性，并分析了野生大西洋鲑鱼与驯化群体间的遗传差异。 |
参考文献
[1] Xingtan Zhang, Shuai Chen, Longqing Shi et al. Haplotype-resolved genome assembly provides insights into evolutionary history of the tea plant Camellia sinensis. Nat Genet 53, 1250–1259 (2021).
[2] Liao Liao, Weihan Zhang, Bo Zhang, et al. Unraveling a genetic roadmap for improved taste in the domesticated apple. Molecular Plant, Volume 14, Issue 9, 2021.
[3] Myung-Shin Kim, Roberto Lozano, Ji Hong Kim, et al. The patterns of deleterious mutations during the domestication of soybean. Nat Commun 12, 97 (2021).
[4] Kang, L., Qian, L., Zheng, M. et al. Genomic insights into the origin, domestication and diversification of Brassica juncea. Nat Genet 53, 1392–1402 (2021).
[5] Alicia C. Bertolotti, Ryan M. Layer, Manu Kumar Gundappa, et al. The structural variation landscape in 492 Atlantic salmon genomes. Nat Commun 11, 5176 (2020).
