真核（原核）转录组测序 - 转录组 - 极智基因|极智生物-天津极智基因科技有限公司

背景介绍

转录组（RNA-seq）是指具备编码能力的mRNA，RNA-seq是对特定阶段或生理条件下的细胞内完整的mRNA进行测序。随着测序技术的持续发展和测序成本的不断降低，转录组研究已经成为研究生长发育调控、环境胁迫适应机制、生物进化规律以及疾病发生机制等研究方向的重要技术，已广泛应用于基础研究、临床诊断、药物研发和分子育种等各个领域。

分析流程

真核转录组

原核转录组

分析内容

转录组	原核转录组
基本数据处理	1.对原始数据进行去除接头、污染序列及低质量 reads 的处理 2.数据产出统计及测序数据的成分和质量评估 3.参考序列比对分析
基因表达水平分析	4.基因表达水平分析 5.样本间基因表达水平的相关性分析（>=2个样本） 6.主成分分析 7.基因差异表达分析（>=2个样本） 8.差异表达基因的GO富集分析（>=2个样本） 9.差异表达基因的KEGG富集分析（>=2个样本） 10.差异表达基因的蛋白质互作网络分析（>=2个样本）
基因结构分析	11.新转录本预测 12.SNP/InDel分析 13.基因结构分析 14.UTR 的注释及相关分析 15.sRNA 的注释和相关分析 16.反义转录本分析

技术参数

参数	原核转录组测序	真核转录组测序
样本要求	细菌≥10⁶或100mg	新鲜植物组织:≥500mg,动物组织:≥300mg,细胞: ≥5×10⁶
RNA要求	RNA总量>3ug,RNA浓度≥50ng/ul,OD260/280≧1.8	RNA总量>1ug,RNA浓度≥50 ng/ul ,RIN≧6.8 (动物)、6.3（植物、真菌）,OD260/280≧1.8
测序平台	Illumina PE150测序平台	Illumina PE150测序平台
数据量	1G-2G/样	6G-12G/样

极智优势

参数调整灵活：根据实验背景及数据信息，灵活调整阈值，让结果更加合理。
多种结果交付方式并存：流程结果汇总交付，个性化调整及时反馈，实现及时性和标准化共存。
专业数据解读：针对大数据和多结果，提供报告解读、研究思路探讨和分析建议等专业服务。
个性化分析：绘图流程和软件持续更新，提供多种个性化展示方式。

结果展示

聚类热图分析

基因表达差异分析

差异基因富集分析

文章题目：High-resolution spatiotemporal transcriptome mapping of tomato fruit development and ripening

发表期刊：Nature Communications 发表时间：2018

目前对番茄果实生长成熟的研究大多基于均质化果皮，没有考虑番茄内部组织，也没有考虑单个细胞和组织类型的表达特征。本研究通过切片和激光显微切割（LM）技术分离不同发育时间主要果实组织（果皮、隔膜、房室组织、胎盘、小柱和种子）和细胞（外表皮、厚壁组织、薄壁组织、维管组织和内表皮），对共计483个样品进行了时空分辨的转录组分析。
为了鉴定果实发育过程的时空特异性共表达基因集合，结合WGCNA分析进行数据挖掘，基于基因表达模式的相似性，鉴定了43个基因模块。其中，模块M6包含了许多与成熟相关的基因，其hub基因是RIN。针对RIN进行靶基因分析，并对其靶基因SlGRAS38进行功能验证，确定SlGRAS38基因是一种新发现的RIN下游调控因子，并且可能参与了与类胡萝卜素和乙烯代谢相关的成熟过程。