背景介绍
长链非编码RNA(Long non-coding RNA, lncRNA)是一类长度大于 200 个核苷酸的长链RNA，有些具有poly(A)尾巴，有些没有poly(A)尾巴。与编码基因相比，lncRNA表达量更低。
lncRNA不具备编码蛋白质的能力，起初被认为是基因组转录的“噪音”，不具有生物学功能。然而，近年来的研究表明lncRNA能在表观遗传、转录及转录后水平上调控基因表达，参与了X染色体沉默、基因组印记以及染色质修饰、转录激活、转录干扰和核内运输等多种重要的调控过程，与人类疾病的发生、发展和防治都有着密切联系。
分析流程
极智优势
- 数据利用率高：一次建库测序，同时进行lncRNA分析、mRNA分析以及关联分析，全面揭示转录及调控机制。
- 参数调整灵活：根据实验背景及数据信息，灵活调整阈值，让结果更加合理。
- lncRNA预测可靠：使用多款软件同时进行lncRNA的预测，取交集保证预测结果的可靠性。
- 分析效率高：专业研发团队进行流程维护及升级，保证项目周期与分析结果质量。
文章题目： A long non-coding RNA functions in high-light-induced anthocyanin accumulation in apple by activating ethylene synthesis
发表期刊：Plant Physiology 发表时间：2022
强光处理可诱导苹果果实产生花青素及其着色。乙烯激素对这种着色也是必不可少的，但将乙烯和光、花青素相关的着色联系起来的调节关系还没有明确的报道。
在本研究中，研究者观察到强光处理比中等光处理更能增加苹果果实中花青素的积累，是诱导乙烯产生和激活花青素生物合成的主要贡献者。对光照处理的苹果果实进行转录组研究，在强光处理下，发现一个lncRNA MdLNC610可能影响花青素的生物合成，其对应基因位于乙烯生物合成基因MdACO1的下游。GUS报告基因分析进一步表明 MdLNC610 上调 MdACO1 的表达，因此可能参与强光诱导的乙烯生物合成。在苹果果实和愈伤组织中过表达MdLNC610和MdACO1表明，MdLNC610的大量表达激活了MdACO1的表达，从而导致乙烯产生和花青素水平的增加。这些结果表明，MdLNC610通过作为正调控因子促进MdACO1表达和乙烯生物合成，参与强光诱导的花青素产生的调控。
lncRNA数据的WGCNA分析证明花青素合成与乙烯产生高度相关（Purple模块）
lncRNA MdLNC610位于乙烯生物合成基因MdACO1编码区下游，且与转录后水平密切相关
